# This is code Op_fi5889/ on page [[Ruori]]
library(OpasnetUtils)
library(ggplot2)
openv.setN(3000)
objects.latest("Op_fi5889", code_name="model")
# First empty all objects for a fresh start. Otherwise may be problems with CheckDecisions.
oempty(all=TRUE)
InpBoD <- EvalOutput(InpBoD)
InpPAF <- EvalOutput(InpPAF)
utility <- EvalOutput(utility, verbose=TRUE)
# Sample from default and sensitivity scenario about lead threshold.
cat("Elintarvikeperäisen lyijyn vaikutukset herkkyystarkastelussa.\n")
oprint(summary(BoDattr[BoDattr$Exposure_agent=="Lyijy",]))
BoDattr <- CollapseMarginal(BoDattr,"Threshold","sample")
utility <- CollapseMarginal(utility,"Threshold","sample")
cat("Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa arpoen lyijylle oletetun tai matalamman kynnysarvon.\n")
tmp <- summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,c("Age","Response")))
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
cat("Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan\n")
tmp <- summary(utility)
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
dodge <- position_dodge(width=0.7)
if(FALSE) {
gg <-  ggplot(summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,"Age")),
aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean), fill=Response))+geom_bar()+
theme(legend.position = "bottom")+
labs(
title="Elintarvikkeiden tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
coord_flip()
print(gg)
gg <- ggplot(summary(oapply(BoDattr, NULL, sum,c("Age","Response"))),
aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean), fill=Scenario))+geom_bar(position="dodge")+
coord_flip(ylim=c(0,70000))+
labs(
title="Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975),group=Scenario),position=dodge, width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.975)+5000, group=Scenario), position=dodge)
print(gg)
# Utility of actions
gg <- ggplot(summary(utility),aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean)))+geom_bar(fill="lightblue")+
coord_flip(ylim=c(-9000,0))+
labs(
title="Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975)), width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.025)-600))
print(gg)
} else {
###### RUN THESE ON OWN COMPUTER WITH thlVerse PACKAGE
library(thlVerse)
thlBarPlot(summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,"Age")),
xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean), groupvar=Response, legend.position="bottom",
colors=thlColors(n=12),
title="Elintarvikkeiden tautitaakkoja Suomessa", subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()
thlBarPlot(summary(oapply(BoDattr, NULL, sum,c("Age","Response"))),xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean),
groupvar=Scenario,stacked=FALSE, ylimits=c(0,70000),
title="Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975),group=Scenario),position=dodge, width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.975)+5000, group=Scenario), position=dodge)
ggsave("Ruori-tautitaakat.png",width=10,height=6)
# Utility of actions
thlBarPlot(summary(utility),xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean), ylimits=c(-9000,0),
title="Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975)), width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.025)-600))
ggsave("Ruori-toimenpideiden vaikutus.png",width=10,height=6)
}
oempty(all=TRUE)
rm(list=ls())
# This is code Op_fi5889/ on page [[Ruori]]
library(OpasnetUtils)
library(ggplot2)
openv.setN(3000)
objects.latest("Op_fi5889", code_name="model")
# First empty all objects for a fresh start. Otherwise may be problems with CheckDecisions.
oempty(all=TRUE)
InpBoD <- EvalOutput(InpBoD)
InpPAF <- EvalOutput(InpPAF)
utility <- EvalOutput(utility, verbose=TRUE)
# Sample from default and sensitivity scenario about lead threshold.
cat("Elintarvikeperäisen lyijyn vaikutukset herkkyystarkastelussa.\n")
oprint(summary(BoDattr[BoDattr$Exposure_agent=="Lyijy",]))
BoDattr <- CollapseMarginal(BoDattr,"Threshold","sample")
utility <- CollapseMarginal(utility,"Threshold","sample")
cat("Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa arpoen lyijylle oletetun tai matalamman kynnysarvon.\n")
tmp <- summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,c("Age","Response")))
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
cat("Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan\n")
tmp <- summary(utility)
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
dodge <- position_dodge(width=0.7)
if(FALSE) {
gg <-  ggplot(summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,"Age")),
aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean), fill=Response))+geom_bar()+
theme(legend.position = "bottom")+
labs(
title="Elintarvikkeiden tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
coord_flip()
print(gg)
gg <- ggplot(summary(oapply(BoDattr, NULL, sum,c("Age","Response"))),
aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean), fill=Scenario))+geom_bar(position="dodge")+
coord_flip(ylim=c(0,70000))+
labs(
title="Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975),group=Scenario),position=dodge, width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.975)+5000, group=Scenario), position=dodge)
print(gg)
# Utility of actions
gg <- ggplot(summary(utility),aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean)))+geom_bar(fill="lightblue")+
coord_flip(ylim=c(-9000,0))+
labs(
title="Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975)), width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.025)-600))
print(gg)
} else {
###### RUN THESE ON OWN COMPUTER WITH thlVerse PACKAGE
library(thlVerse)
thlBarPlot(summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,"Age")),
xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean), groupvar=Response, legend.position="bottom",
colors=thlColors(n=12),
title="Elintarvikkeiden tautitaakkoja Suomessa", subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()
thlBarPlot(summary(oapply(BoDattr, NULL, sum,c("Age","Response"))),xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean),
groupvar=Scenario,stacked=FALSE, ylimits=c(0,70000),
title="Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975),group=Scenario),position=dodge, width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.975)+5000, group=Scenario), position=dodge)
ggsave("Ruori-tautitaakat.png",width=10,height=6)
# Utility of actions
thlBarPlot(summary(utility),xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean), ylimits=c(-9000,0),
title="Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975)), width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.025)-600))
ggsave("Ruori-toimenpideiden vaikutus.png",width=10,height=6)
}
oempty(all=TRUE)
rm(list=ls())
# This is code Op_fi5889/ on page [[Ruori]]
library(OpasnetUtils)
library(ggplot2)
openv.setN(10000)
objects.latest("Op_fi5889", code_name="model")
# First empty all objects for a fresh start. Otherwise may be problems with CheckDecisions.
oempty(all=TRUE)
InpBoD <- EvalOutput(InpBoD)
InpPAF <- EvalOutput(InpPAF)
utility <- EvalOutput(utility, verbose=TRUE)
# Sample from default and sensitivity scenario about lead threshold.
cat("Elintarvikeperäisen lyijyn vaikutukset herkkyystarkastelussa.\n")
oprint(summary(BoDattr[BoDattr$Exposure_agent=="Lyijy",]))
BoDattr <- CollapseMarginal(BoDattr,"Threshold","sample")
utility <- CollapseMarginal(utility,"Threshold","sample")
cat("Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa arpoen lyijylle oletetun tai matalamman kynnysarvon.\n")
tmp <- summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,c("Age","Response")))
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
cat("Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan\n")
tmp <- summary(utility)
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
dodge <- position_dodge(width=0.7)
if(FALSE) {
gg <-  ggplot(summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,"Age")),
aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean), fill=Response))+geom_bar()+
theme(legend.position = "bottom")+
labs(
title="Elintarvikkeiden tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
coord_flip()
print(gg)
gg <- ggplot(summary(oapply(BoDattr, NULL, sum,c("Age","Response"))),
aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean), fill=Scenario))+geom_bar(position="dodge")+
coord_flip(ylim=c(0,70000))+
labs(
title="Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975),group=Scenario),position=dodge, width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.975)+5000, group=Scenario), position=dodge)
print(gg)
# Utility of actions
gg <- ggplot(summary(utility),aes(x=Exposure_agent, weight=unlist(mean)))+geom_bar(fill="lightblue")+
coord_flip(ylim=c(-9000,0))+
labs(
title="Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975)), width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.025)-600))
print(gg)
} else {
###### RUN THESE ON OWN COMPUTER WITH thlVerse PACKAGE
library(thlVerse)
thlBarPlot(summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,"Age")),
xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean), groupvar=Response, legend.position="bottom",
colors=thlColors(n=12),
title="Elintarvikkeiden tautitaakkoja Suomessa", subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()
thlBarPlot(summary(oapply(BoDattr, NULL, sum,c("Age","Response"))),xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean),
groupvar=Scenario,stacked=FALSE, ylimits=c(0,70000),
title="Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975),group=Scenario),position=dodge, width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.975)+5000, group=Scenario), position=dodge)
ggsave("Ruori-tautitaakat.png",width=10,height=6)
# Utility of actions
thlBarPlot(summary(utility),xvar=Exposure_agent, yvar=unlist(mean), ylimits=c(-9000,0),
title="Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan",
subtitle="Haittapainotettua elinvuotta vuodessa (DALY/a)")+coord_flip()+
geom_errorbar(aes(ymin=unlist(Q0.025),ymax=unlist(Q0.975)), width=0.3)+
geom_text(aes(label=signif(unlist(mean),2), y=unlist(Q0.025)-600))
ggsave("Ruori-toimenpideiden vaikutus.png",width=10,height=6)
}
cat("Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa ikä- ja tautiryhmittäin arpoen lyijylle oletetun tai matalamman kynnysarvon.\n")
tmp <- summary(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",])
tmp
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Ikä = tmp$Age,
Vaste = tmp$Response,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Ikä = tmp$Age,
Vaste = tmp$Response,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
))
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Ikä = tmp$Age,
Vaste = tmp$Response,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
Mediaani = signif(tmp$median,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
))
oprint(summary(BoDattr/case_burden))
summary(case_burden)
cat("Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa ikä- ja tautiryhmittäin arpoen lyijylle oletetun tai matalamman kynnysarvon.\n")
tmp <- summary(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",])
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Ikä = tmp$Age,
Vaste = tmp$Response,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
Mediaani = signif(tmp$median,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
))
cat("Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan\n")
tmp <- summary(utility)
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
cat("Tapausmäärät eri taudeille")
oprint(summary(BoDattr/case_burden))
cat("Elintarvikeperäisiä tautitaakkoja Suomessa ikä- ja tautiryhmittäin arpoen lyijylle oletetun tai matalamman kynnysarvon.\n")
tmp <- summary(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",])
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Ikä = tmp$Age,
Vaste = tmp$Response,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
Mediaani = signif(tmp$median,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
))
cat("Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan\n")
tmp <- summary(utility)
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
summary(PAF)
summary(oapply(PAF,c("Scenario","Exposure_agent","Threshold"),sum))
colnames(PAF@output)
summary(PAF[PAF$Scenario=="BAU" & Exposure_agent=="Saturated fat" & PAF$Hepatitis=="Hepatitis B+" & PAF$Threshold=="Yes"])
summary(PAF[PAF$Scenario=="BAU" & PAF$Exposure_agent=="Saturated fat" & PAF$Hepatitis=="Hepatitis B+" & PAF$Threshold=="Yes"])
summary(BoDattr)
tmp <- summary(oapply(BoDattr[BoDattr$Scenario=="BAU",],NULL,sum,c("Age","Response")))
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
cat("Ruori-skenaarioiden vaikutus tautitaakkaan\n")
tmp <- summary(utility)
oprint(data.frame(
Altiste = tmp$Exposure_agent,
Keskiarvo = signif(tmp$mean,2),
"95 luottamusväli" = paste0(signif(tmp$Q0.025,2)," - ", signif(tmp$Q0.975,2)),
Keskihajonta = signif(tmp$sd,2)
)[rev(match(lev, tmp$Exposure_agent)),])
q()
